A fundação do Colégio de Santa Clara, deve-se à iniciativa de uma religiosa, de nome Clara Martins Coelho, dos Biscoitos – Terceira que vivia na Ordem da Visitação, em França. Esta religiosa, escreveu a uma sua amiga, a Professora Clotilde Barcelos, para que esta envidasse esforços para que uma comunidade religiosa assumisse uma Casa de Formação, na Terceira, para jovens que desejassem ser religiosas. A referida professora foi incansável e conseguiu, com muito sacrifício, comprar uma quinta e uma casa que foram entregues à Congregação das Irmãs Franciscanas Hospitaleiras da lmaculada Conceição (CONFHIC), que, desde logo, abriram uma escola para o Ensino Primário e Infantil, para a sua subsistência.

Uma casa antiga, com tudo muito pobre eram as características da então chamada Escola Particular de Santa Clara. Esta escola foi assim denominada em homenagem a Clara Martins Coelho, à primeira religiosa Franciscana, Santa Clara de Assis e à Fundadora da CONFHIC, Madre Maria Clara do Menino Jesus.

No dia 07 de Outubro de 1964, sete crianças passaram a constituir a escola. Este pequeno grupo foi crescendo e atingiu já os 425 alunos.

Ao longo da sua história, esta escola procurou impor-se pelo seu clima educativo e pelo seu sucesso no ensino. Assim esta comunidade educativa foi tomando consciência do seu papel na sociedade terceirense e na educação e ensino dos mais jovens. Promoveu desde sempre o desporto em diferentes modalidades, tendo-se distinguido pela Ginástica Desportiva.

Com o sismo de 1980, a Escola Particular de Santa Clara fica apenas com o Ginásio, como espaço habitável. Esteve prestes a fechar as suas portas, não fosse o Governo Regional ter oferecido seis salas pré-fabricadas. Em 1985 abre-se o 2º Ciclo do Ensino Básico e em 1986 constrói-se um pavilhão para este Ciclo. Depois, em 1990, iniciou-se a reconstrução da antiga casa, onde nascera a Escola. Para além do Jardim de Infância, 1º e 2º Ciclo do Ensino Básico, em Setembro de 1999, abriu uma Creche que pertence à Obra Social Madre Maria Clara – IPPS. Em Janeiro de 2000 o Jardim de Infância passou também para IPSS e a 01 de Agosto de 2005 o 1º e 2º Ciclos.